Namun kedigdayaan Dani Pedrosa di sesi kualifikasi tidak lagi begitu mendominasi, sebab Casey Stoner yang mengalami masalah pada adaptas motornya di Sirkuit Sepang, Malaysia, mulai mendapat setting bagus. Selisih lap tercepat dengan Pedrosa pun cukup tipis. Stoner mengamankan lap tercepat 2 menit 1.491 detik dan sempat bertahan sebagai pencetak lap tercepat sebelum Pedrosa mematahkan lap tercepatnya.
Pencapaian tim Repsol Honda mampu disempurnakan oleh Andrea Dovizioso karena berhasil mengamankan lap tercepat di urutan ketiga. Pembalap asal Italia itu juga mampu menembus lap tercepat 2 menit 1.666 detik. Dengan pencapaian ini, berarti trio Repsol Honda akan mengawali balapan dari deretan posisi start terdepan di MotoGP Malaysia (23/10) besok.
Absennya Jorge Lorenzo ternyata menjadi berkah tersendiri bagi Colin Edwards. Pembalap asal Texas Amerika tersebut menjadi satu-satunya pembalap Yamaha yang mampu menembus lap tercepat di urutan 5 besar. Di sesi kualifikasi ia mampu mengamankan grid start keempat kemudian disusul oleh Marko Simoncelli di grid 5 dan Nicky Hayden di grid 6.
Nasib malang justru dialami duo pembalap Yamaha yaitu Ben Spies dan pembalap pengganti Jorge Lorenzo, yaitu Katsuyuki Nakasuga. Spies kembali mengalami insiden terjatuh dan tidak melanjutkan sesi kualifikasi, sementara Nakasuga belum bisa mengikuti ritme lap tercepat yang dicetak oleh rival-rivalnya. Alhasil kedua pembalap tim Yamaha itu harus start dari posisi paling buncit. (otosport.co.id)
Hasil kualifikasi MotoGP Malaysia :
1. Dani Pedrosa ESP Repsol Honda 2m 1.462 detik
2. Casey Stoner AUS Repsol Honda 2m 1.491 detik
3. Andrea Dovizioso ITA Repsol Honda 2m 1.666 detik
4. Colin Edwards USA Monster Yamaha Tech 3 2m 2.100 detik
5. Marco Simoncelli ITA San Carlo Honda Gresini 2m 2.105 detik
6. Nicky Hayden USA Ducati Marlboro 2m 2.172 detik
7. Hiroshi Aoyama JPN San Carlo Honda Gresini 2m 2.254 detik
8. Alvaro Bautista ESP Rizla Suzuki 2m 2.332 detik
9. Valentino Rossi ITA Ducati Marlboro 2m 2.395 detik
10. Cal Crutchlow GBR Monster Yamaha Tech 3 2m 2.756 detik
11. Randy de Puniet FRA Pramac Racing 2m 2.939 detik
12. Loris Capirossi ITA Pramac Racing 2m 3.077 detik
13. Karel Abraham CZE Cardion AB Motoracing 2m 3.438 detik
14. Hector Barbera ESP Mapfre Aspar 2m 3.619 detik
15. Toni Elias ESP LCR Honda 2m 3.646 detik
16. Ben Spies USA Yamaha Factory Racing 2m 3.678 detik
17. Katsuyuki Nakasuga JPN Yamaha Factory Racing 2m 4.072 detik