Stoner mengamankan lap tercepat 1 menit 37.188 detik, dan mantap meraih posisi pole setelah pembalap lain gagal mencetak lap tercepat di akhir sesi. Meski dikatakan cukup beruntung karena Jorge Lorenzo dan Dani Pedrosa terjebak di padatnya pembalap yang berjalan lamban, namun juga agak sulit untuk menyamai pencapaian Stoner yang cukup sempurna.
Di grid kedua, Pedrosa yang sangat kecewa karena Ben Spies menghalangi jalannya terpaksa harus puas berada di grid kedua. Padahal harapannya untuk mencetak posisi pole cukup besar. Pedrosa hanya mampu mengamankan lap tercepat 1 menit 37.201 detik.
Pencapaian fantastis kembali diraih oleh Cal Crutchlow. Juara dunia World Supersport Championship (WSS) 2009 itu tampil agresif dan sempat meraih posisi pole sebelum disalip oleh Stoner dan Pedrosa. Meski hanya menempati grid start ketiga, namun Crutchlow senang karena jadi pembalap Yamaha di garis depan.
Sementara pembalap tim utama Yamaha yaitu Lorenzo, harus gigit jari dan sempat marah-marah kepada pembalap lain karena menghalangi jalurnya. Padahal ia sedang berupaya mencetak lap tercepat. Akibatnya Lorenzo harus puas menduduki posisi start di urutan keempat, diikuti rekan setimnya yaitu Ben Spies di urutan kelima.
Insiden sempat terjadi di sesi kualifkasi. Dimana Randy de Puniet terjatuh dan menabrak Colin Edwards. Akibatnya balapan sempat dihentikan 11 menit menjelang sesi kualifikasi berakhir dan berlanjut setelah Edwards dilarikan ke pusat kesehatan Sirkuit Estoril. (otosport.co.id)
Hasil kualifikasi MotoGP Portugal :
2. Dani Pedrosa ESP Repsol Honda 1m 37.201 detik
3. Cal Crutchlow GBR Monster Yamaha Tech3 1m 37.289 detik
4. Jorge Lorenzo ESP Yamaha Factory Racing 1m 37.466 detik
5. Ben Spies USA Yamaha Factory Racing 1m 37.723 detik
6. Alvaro Bautista ESP San Carlo Honda Gresini 1m 37.917 detik
7. Andrea Dovizioso ITA Monster Yamaha Tech3 1m 37.943 detik
8. Hector Barbera ESP Pramac Racing 1m 38.006 detik
9. Valentino Rossi ITA Ducati Team 1m 38.059 detik
10. Nicky Hayden USA Ducati Team 1m 38.253 detik
11. Stefan Bradl GER LCR Honda MotoGP 1m 38.265 detik
12. Aleix Espargaro ESP Power Electronics Aspar 1m 39.353 detik
13. Karel Abraham CZE Cardion AB Motoracing 1m 39.398 detik
14. Randy De Puniet FRA Power Electronics Aspar 1m 39.586 detik
15. Yonny Hernandez COL Avintia Blusens 1m 40.029 detik
16. Michele Pirro ITA San Carlo Honda Gresini 1m 40.225 detik
17. Mattia Pasini ITA Speed Master 1m 40.387 detik
18. Colin Edwards USA NGM Forward Racing 1m 40.964 detik
19. James Ellison GBR Paul Bird Motorsport 1m 41.394 detik
20. Danilo Petrucci ITA Came IodaRacing 1m 41.486 detik
21. Ivan Silva ESP Avintia Blusens 1m 41.490 detik