Ada yang beda pada pendaftaran offline tahun ini. Apabila pada tahun-tahun sebelumnya, masyarakat langsung melakukan pendaftaran di Kantor Kemenhub, pada tahun 2016 ini, Kemenhub mendatangi masyarakat dengan membuka booth pendaftaran di beberapa titik keramaian di Kota Jakarta dan sekitarnya.
Program mudik gratis pengguna motor dengan bus tahun ini melayani 9 kota tujuan arus mudik
Yaitu Tegal, Kebumen, Purwokerto, Yogyakarta, Solo, Wonogiri, Wonosobo, Magelang, dan Semarang. Sedangkan untuk arus baliknya, terdapat 3 kota tujuan yaitu Yogyakarta, Solo, dan Semarang.
Untuk arus mudik, pemberangkatan motor pada 1 Juli 2016 di Kantor Bulog Divisi Regional I, Kelapa Gading, Jakut dan penumpangnya pada 2 Juli 2016 di Taman Mini Indonesia Indah (TMII).
Sedangkan untuk arus balik, motor diberangkatkan dari kota tujuan pada 16 Juli 2016 dan penumpangnya pada 17 Juli 2016.
Selain pakai bus, Kemenhub juga membuka pendaftaran mudik gratis pengguna motor pakai kereta api pada tanggal 8 Maret 2016 sampai dengan 6 Juni 2016.
Pada tahun 2015 lalu, kuota subsidi angkutan mudik motor gratis menggunakan angkutan kereta api sebesar 9.900 motor, sedangkan pada tahun 2016 jumlah tersebut mengalami peningkatan menjadi 15.834 motor.
Mudik gratis menggunakan kereta api menawarkan tiga lintasan tujuan yaitu, lintas utara yang berhenti di stasiun Cirebon Prujakan, stasiun Tegal, stasiun Pekalongan, stasiun Semarang Tawang, stasiun Ngrombo, stasiun Cepu, stasiun Bojonegoro, stasiun Babat, dan berakhir di stasiun Surabaya Pasarturi.
Selanjutnya pada lintas selatan 1 dimana kereta api akan berhenti di stasiun Purwokerto, stasiun Kroya, stasiun Gombong, stasiun Kebumen dan mengakhiri perjalanan di stasiun Kutoarjo.
Sedangkan lintas terakhir yaitu lintas selatan 2 dimana kereta api akan berhenti di stasiun Lempuyangan, stasiun Klaten, stasiun Solojebres, stasiun Madiun, stasiun Kertosono, dan Stasiun Kediri.