Kepala Silinder
Ada 2 hal baru yang dilakukan pada kepala silinder. Pertama memperbaiki bentuk lubang masuk dan keluar. Tujuan dari perbaikan ini untuk mereduksi hambatan yang mungkin terjadi ketika bahan bakar mengalir ke ruang bakar dan melancarkan gas buang setelah proses pembakaran.
Perbaikan ke-2 adalah adanya sedikit perubahan desain pada kubah dari cylinder head (squish). Pada mesin 3NR-VE ini, squish-nya dibuat lebih lancip. Dengan desain baru ini, diharapkan dapat mereduksi knocking. Tapi tetap mampu menghasikan power dan torsi yang maksimal.
Intake System
Di bagian ini, ada lubang intake-nya dibuat lebih panjang. Harapan dari ubahan ini, mesin dapat menghasilkan torsi maksimum saat mesin bekerja di putaran bawah dan menengah.