Varian SE sudah pakai rem ABS makanya nama variannya jadi Ninja ZX-25R ABS SE.
Sedangkan varian Ninja 250 4 silinder Standard hanya tersedia dalam satu pilihan warna yaitu Metallic Spark Black alias hitam polos.
Adapun Ninja ZX-25R ABS SE ada 3 pilihan warna.
Yakni Lime Green/Ebony atau warna hijau khas KRT (Kawasaki Racing Team).
Warna kedua ada Metallic Spark Black/Pearl Flat Stardust White atau kombinasi hitam dan putih di bodi sedang rangkanya merah.
Terakhir ada warna Candy Plasma Blue/Metallic Spark Black atau biru kombinasi hitam dengan rangka silver.