Sementara itu untuk Kabupaten Kebumen sendiri nantinya ada 53 Desa di 15 Kecamatan yang akan terdampak jalan tol Jogja-Cilacap.
Berikut rincian desa dan kecamatan yang terimbas tol Jogja-Cilacap:
1. Kecamatan Sruweng
Desa Trikarso
2. Kecamatan Klirong
Desa Bumiharjo
Desa Kebandongan
Desa Kedungwinangun
Desa Podoluhur
Desa Tambakagung