Dua varian mesinnya mengadopsi tipe SOHC yang merupakan mesin baru Honda waktu itu.
Mesin 2.4L 4 silinder segaris CR-V juga digunakan di Honda Accord dan Honda Element, mesin tersebut mampu menyemburkan tenaga maksimal 166 dk pada 5.600 rpm dengan torsi maksimal 218 Nm di 4200 rpm.
Transmisi CR-V generasi ketiga tersedia dua pilihan, antara manual 6 speed dan otomatis 5 percepatan.
Pada pasar Eropa dan beberapa negara Asia, Honda CR-V tersedia varian mesin diesel 2.2L i-CTDI.