Yamaha MT-09 sudah dilengkapi berbagai fitur lengkap seperti D-Mode yang memberikan tiga mode berkendara untuk karakter performa mesin.
Untuk memilihnya tinggal pencet satu tombol yang ada di setang sisi kanan dari mode standar, lalu mode A untuk mendapatkan respon mesin yang lebih agresif pada rpm rendah sampai medium.
Terakhir Mode B untuk respon yang lebih lembut dibandingkan Mode Standard.
Lalu fitur Assist & Slipper Clutch yang membuat kopling terasa ringan dan mencegah torsi balik ke mesin dari roda belakang saat deselerasi.
Baca Juga: Geger Yamaha Rilis Teaser Dua Motor Barunya, Kuat Dugaan MT-07 dan MT-09
Selanjutnya fitur Quick Shift System (QSS) yang memungkinkan pengendara memindah gigi tanpa perlu menekan tuas kopling.
Ada juga fitur Traction Control System (TCS) untuk mengurangi risiko ban belakang selip.
Serta fitur YCCT (Yamaha Chip Controlled Throttle) atau sistem kontrol throttle (fly by wire) yang berfungsi mengatur asupan udara yang masuk ke mesin lebih presisi atau sesuai kebutuhan agar performa maksimal.
Soal kaki-kaki, Yamaha MT-09 juga sudah dibekali suspensi upside down di depan dan monosok di belakang.