Seksi 3 Borobudur-Magelang 8,08 kilometer,
Seksi 4 Magelang-Temanggung 16,26 kilometer,
Seksi 5 Temanggung-Ambarawa 22,56 kilometer,
Seksi 6 Ambarawa-Junction Bawen terkoneksi Tol Semarang-Solo 5,21 kilometer.
Berikut rincian 44 desa dari 8 kecamatan di Magelang terdampak tol Jogja-Bawen:
1. Kecamatan Secang
Desa Candiretno
Desa Pancuranmas
Desa Madusari
Desa Candisari